丹尼索瓦人遗传研究综述-东亚人扩散

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丹尼索瓦人遗传研究综述-东亚人扩散

丹尼索瓦人遗传研究综述 | #古人类 过去十几年，丹尼索瓦人(Denisovans)是古遗传学最重要的发现之一，也是人类进化研究领域的热点。目前仅有丹尼索瓦洞（图1a）和甘肃夏河白石崖（图1b）两处遗址具有丹尼索瓦人存在的分子证据，共有10件化石（图2），包括丹尼索瓦洞的指骨、牙齿、头骨碎片，白石崖的1件下颌骨，结合沉积物DNA证据，丹尼索瓦人大约生存于250-40 ka。被推测为丹尼索瓦人的还有图3所列的其他化石，但是它们还没有古DNA或蛋白质来证明。

丹尼索瓦人和尼安德特人基因组之间的共享等位基因比他们与现代人共享的等位基因更多，这表明他们来自一个共同的祖先种群，大约在630-520 ka与当今现代人的祖先分离（图4a）。尼安德特人和丹尼索瓦人之间的分裂时间估计在440-390 ka，然而，至少在阿尔泰地区，两者会偶尔相遇并混血（图4b）。此外，超古人群可能也对丹尼索瓦人血统有很小的贡献（0~6%），而且这种渗入至少发生于225 ka（图4a）。

当今人群中也携带一部分丹尼索瓦人DNA（图5），美拉尼西亚人有约3%的丹尼索瓦血统，澳大利亚土著约4%，菲律宾的尼格利陀人的丹尼索瓦血统比他们还多30-40%，东亚人和美洲原住民的丹尼索瓦血统只占约0.2%。

这些丹尼索瓦血统的存在表明这些人群的祖先曾与丹尼索瓦人混血，重建这种相互作用的历史，可以提供欧亚东部早期现代人的信息，也有助于了解丹尼索瓦人的地理分布和多样性。现代人在何时、何地遇到丹尼索瓦人并产生几次混血事件，仍有争议。东亚人和美洲原住民的丹尼索瓦血统有两种成分，一种与丹尼索瓦3号个体关系更近，一种与丹尼索瓦3号个体关系更远。前一种可能与4万年前的东亚人（田园洞和 Salkhit）中的丹尼索瓦血统关系密切，相关混合至少发生于距今5万年之前；后一种是如何继承的，仍不清楚，图6提出了两种可能的情景：稀释(a)和回迁(b)。丹尼索瓦人向澳大利亚人和美拉尼西亚人的祖先的渗透时间约在54-44 ka。丹尼索瓦人相关种群在大洋洲一直延续到约25ka，这比估计的尼安德特人大约40 ka消失的时间要晚得多。

丹尼索瓦3号的低杂合度反映了丹尼索瓦人在西伯利亚南部的有效种群规模很小，不过与尼安德特人的基因组相比，近亲繁殖在丹尼索瓦3号的种群中并不像在尼安德特人中那样普遍。研究还表明，在与现代人的共同祖先分离后不久，丹尼索瓦人种群数量大幅下降，丹尼索瓦人种群在其历史的剩余时间里可能一直保持在较小的规模。

详见：Peyrégne, S., Slon, V. & Kelso, J. More than a decade of genetic research on the Denisovans. Nat Rev Genet 25, 83–103 (2024).

 

下图（1-9）

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徐书华团队解析苗瑶人群的遗传起源与基因纽带